根据最近对一艘干散货船试验，生物燃料进一步展示了其是业界促进减少温室气体(GHG)排放的迫切需要。Seanergy Maritime海事技术总监Stelios Psillakis指出：“我们坚信，使用生物燃料再加上船舶上已安装或将要安装的节能设备，将有助于船用燃料平稳过渡到更绿色能源，同时为先行者提供竞争优势和合规优势。2030年以后，预计海事技术的成熟足以采用替代能源解决方案进行航运减排。”
建于2009年的好望角型散货船(“Friendship”轮)在新加坡和南非萨拉达尼亚湾之间航行时进行了生物燃料试验——极低硫油(VLSFO)与10%的第二代基于废物的废食用油甲酯(UCOME)混合。结果显示，与传统船用燃料相比，二氧化碳排放量减少了10%。这是Seanergy Maritime与日本邮船和矿业公司Anglo American合作开展的试点项目，Total Energies Marine Fuels负责在新加坡港提供被称为“B10”的燃料。UCOME的生物成分源循环分解，与重质燃油相比，“WtW”过程可减少80%以上的GHG排放。
与所有替代燃料一样，成本、规模和可用性都是生物燃料面临的挑战。世界最大的租船公司之一嘉吉(Cargill)正通过与马士基油船的合作来解决这些问题。两家公司合作开展了一项名为“纯船用燃料”的项目，其背后理念是“提供更具竞争力的价格、优化的燃料库物流和改进的索赔支持。”
使用生物燃料的环境问题之一是氮氧化物排放量潜在增加。Exponent International技术顾问、燃料专家Michael Banning指出，生物燃料必须符合《国际防止船舶造成污染公约》(MARPOL)附件VI 18.3.2.2的要求，该附件要求“非石油衍生燃料油不能导致发动机超过适用的氮氧化物排放。”与传统燃料相比，使用生物柴油的部分挑战在于其对水的固有亲和力，生物柴油可以形成稳定的乳液，增加燃油系统中细菌生长的潜在风险。在未来几年中，生物柴油的使用量将成倍增加，预计混合比例将超过25%。在这个水平上，燃料供应链和船上设备的水管理变得至关重要。“微生物生长会导致滤清器堵塞、喷油器磨损加剧和油箱系统腐蚀，并降低发动机效率。”
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