化肥厂氨氮废水主要来自合成氨、尿素车间的高浓度氨氮废水，这部分废水氨氮主要存在形式为无机氨。化肥厂废水中的水质具有氨氮含量高，并含有有毒的总氰化物及硫化物的特点。且此类污水的可生化性较差。
化肥厂污水中的主要污染物氨氮是引起水体富营养化和污染环境的一种重要污染物质，目前我国几乎所有的受污染水域中，氨氮都是主要的污染物之一。
化肥厂氨氮废水处理时，无论采用何种工艺及方法，大体的处理流程可以分为三步。
第一步：预处理。可以采用格栅过滤、水质水量调节、化学沉淀、上浮、隔油等方法，对化肥厂废水进行初步的净化处理，目的是分离水中的悬浮固体物、胶体物、浮油、重油等杂质。预处理之后，废水中的大颗粒悬浮物、油脂等物质基本清理干净。
第二步：生物法净化。采用生物法对化肥厂氨氮废水进行净化处理，是利用微生物的降解作用，可以将废水中的有机溶解物质和胶体物质进行生化降解，可以有效降低水中的氨氮含量及COD等含量。生化法处理之后的废水水质基本可以达标排放。若是水质比较复杂，氨氮、COD含量、色度等指标没有达标，就需要进行深度净化了。
第三步：深度净化。采用的多是活性炭吸附法、臭氧氧化法、离子交换法、膜分离法、化学法（投加环瑞氨氮去除剂）等技术，目的是降低废水中的氨氮、含量和色度，吸附水中的臭味、异味等，以及一些微生物难以降解的有机污染物和溶解性无机污染物，彻底将废水净化达标。
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