基因与环境互作研究——GGE模型及AMMI模型

目前,基因与环境互作问题一直是广大植物学家和水产动物研究者研究的重点。他们通过基因与环境互作的分析,了解不同环境下不同品种的适应性和丰产性,从而选出适应性好且产量高的品种。

对于这一问题,有很多的统计研究方法被提出,其中最为广泛使用的方法有两种,一种是基于AMMI模型的基因与环境互作分析,另一种是基于GGE模型的基因与环境互作分析。其中,AMMI模型重点研究基因型与环境的互作效应(G*E)对产量的影响,能较好的评价品种的稳定性和地点的鉴别力。而GGE模型将基因型(品种)效应(G)和基因型与环境的互作效应(G*E)两部分融合起来分析对产量的影响,具有比AMMI模型更为强大的功能,且可以产生更为直观明显的双标图。

基因与环境互作

1、GGE模型和AMMI模型适用于哪些领域?

适用领域:作物育种与栽培、林木育种与栽培、水产养殖与育种

数据类型:多个品种在多个环境地点下的表型数据

2、GGE和AMMI可以解决哪些问题?

功能

AMMI模型

GGE模型

什么是某一特定环境下最好的品种?

什么是某一特定品种最适合的环境

任意两品种在各环境下的表现如何;

试验中品种×环境互作的总体模式是怎样的?

什么是高产、稳产品种

什么是有利于筛选高产、稳产品种的环境?

某一特定品种的适应性和丰产性如何

通过二者功能上的对比,可以看出在某些研究领域,GGE模型有着比AMMI模型更为强大,更为广泛的功能,且输出的双标图也更为直观。

3、关于GGE 的文章主要发表在哪些期刊?

高质量文章!终于说到大家喜欢的关注点上了!目前,国内外期刊发表了很多基于GGE biplot分析的文章,我们将这些期刊做了粗略的统计,并列出国内外Top 10的期刊,有用到GGE分析并准备发表文章的老师,可以参考。

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国外发表GGE biplot相关分析的 Top 10期刊

Journals

No. of publication

IF

Euphytica

77

1.546

Field Crops Research

44

3.127

Plant Breeding

23

1.298

Genetics and Molecular Research : GMR

13

0.78

PloS one

10

2.766

Theoretical and Applied Genetics

8

3.93

Crop Science

6

1.635

Scientific Reports

6

4.122

Agronomy Journal

5

1.641

4、 Genstat软件支持GGE biplot模型与AMMI模型

Genstat软件中的GGE和AMMI功能广泛,操作界面稳定,操作步骤简单易学,具有强大的技术及研发团队做支撑。

Genstat 软件作为VSNi公司核心统计分析产品,最初是由英国洛桑实验中心为满足机构内科学家的需求而开发出的统计分析软件。随着洛桑实验中心与全球其他科研机构的学术交流不断深化,Genstat也随之在很多国家被广泛使用。最新版本的Genstat是根据国际上最新的统计方法和技术开发出的综合统计分析软件,具有灵活而友好的交互界面、强大的分析功能,并可直接生成美观的图表。Genstat被广泛用于很多高校如荷兰瓦赫宁根大学、英国剑桥大学、康奈尔大学等单位的教学及科研当中。随着近年来国内外学术交流合作的深入,Genstat在作物、动物、林木、生态、草业、植保、土壤、资环、医学、食品等多个领域被越来越多的中国高校以及科研单位关注和认可。

Genstat将于2022年3月将举办一场培训会,会上对基因与环境互作以及其他功能模块进行讲解并实例演示。届时会赠送一年的软件授权,如果您有需要,欢迎私聊我们。

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