酵母菌不仅在养殖业、食品行业上有着广泛的应用，在废水处理方面也有一定的效果。
《产朊假丝酵母处理马铃薯淀粉废水》表明，在pH为5.0、产阮假丝酵母接种量为10%、磷酸二氢钾(质量分数为0.1%)加入量为0.5 g/L、废水不灭菌的条件下，废水处理效果和产阮假丝酵母生长最佳，且当废水COD为5074 mg/ L时，COD去除率达到74.86%，同时可获得2.23g/ L的单细胞蛋白。
《固定化酵母工程菌处理印染废水的研究》表明， pH值7～8是固定化酵母工程菌处理模拟印染废水的适宜酸碱度范围。在此范围以外，固定化酵母工程菌的对印染废水中亚甲基蓝的吸附能力明显下降。水温在15℃～40℃范围内时，对固定化微生物吸附亚甲基蓝的影响不大。相较而言，温度为30℃时，固定化酵母工程菌对亚甲基蓝吸附量最大。吸附开始进行的2h内，随着时间的增加，吸附量迅速上升，到18h时，固定化酵母工程菌达到吸附平衡。当4h时，固定化酵母工程菌对亚甲基蓝吸附量已达到90%以上。
《固定化酵母细胞载体制备及去除废水中苯酚效果研究》表明，通过固定化酵母菌及固定化酵母工程菌降解苯酚模拟废水的研究，找出固定化酵母工程菌在处理模拟废水中苯酚去除率最大时的最优条件，pH为6，温度为25℃，浓度为1800mg/L。
《啤酒酵母菌对染料废水的生物吸附脱色研究》表明，
1.啤酒酵母菌吸附活性艳红染料的最佳条件。染料浓度为50 mg/L、酵母菌浓度为2.0 g/L，pH值为2.00，吸附时间为1h，吸附温度为25℃ , NaCl的最佳浓度为0.010 g/L。
2.啤酒酵母菌吸附活性艳红染料的最佳条件。染料浓度为100 mg/L、酵母菌浓度为2.0 g/L, pH值为1.50，吸附时间为1h，吸附温度为25℃, NaCl的最佳浓度为0.030g/L。
《油脂酵母高效处理丁醇发酵废水机理与集总动力学研究》表明，高COD浓度的混合碳源培养基环境中，皮状丝孢酵母展现出大大优于浅白隐球酵母的废水处理效果:发酵培养基中的糖与有机酸几乎可被皮状丝孢酵母完全代谢。
《污水处理系统中酵母菌的种属分布及产酶特征研究》表明，
1.活性污泥中酵母菌总数与可培养微生物总数的比例为1:10万-1:1亿。酵母菌与细菌的比例为1:1千万-1:1亿。
2.在筛选的84株酵母菌中有48株在培养36小时后，对活性红的脱色率达到90%以上，占总菌株的57.14%。培养36h时对活性艳蓝的脱色率达到90%以上的酵母菌，占总分离菌数的32.14%。
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