而本底噪声则是由本底峰的不稳定造成，与本底的大小以及电磁场参数的稳定度有关，具体的包括：

1、离子源发射电子流的不稳定性，加速电压、分析器电磁参数的不稳定性；

2、氦气在真空系统内的吸附和再放出（如真空油脂、人造橡胶、有机绝缘材料都可以吸附和再放出氦气），电离真空计特别是磁放电真空计对氦气的记忆效应（被污染的情况下更为严重）；

3、抽气系统中氦气的反扩散与对氦气抽速的不稳定性；

4、氦质谱检漏仪本身漏气和氦气的渗透；

5、残余气体分子对氦离子的散射等等。这些因素对本底噪声及灵敏度的影响都很大。

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