在反渗透系统中，被反渗透膜截留的悬浮物、胶体、有机物、微生物和其它颗粒附着在膜表面，由于浓差极化等因素造成离子积大于溶度积后，生成化学垢类。反渗透膜的重度污染是指：单段压力差大于系统初期单段压力差值的2倍以上，反渗透系统的产水量下降30%以上，这时反渗透膜元件的重量超过正常重量数值3公斤以上的情况。那么应当怎么清洗反渗透膜呢?
①首先用性能优良的备用膜元件替换反渗透系统上的待清洗膜元件，以保证反渗透净水系统不停止运行，保证整个反渗透净水生产工艺的持续稳定。
②反渗透膜元件性能测试(此步骤尤为重要)：单独测试每一支膜元件的各项性能指标，包括：脱盐率、产水量、压差、重量等，并作好测试前记录。脱盐率、压差和产水量测试条件：符合不同类型膜厂商提供的标准。
③系统清洗前了解系统当前运行状况。
④采集反渗透系统运行的各项参数指标，做好原始记录。
⑤根据用户原水全分析 告、性能测试结果及所了解的系统信息判断清洗流程。
⑥污染物的鉴定。首先根据⑤的分析结果初步判定，再通过特殊的设备作进一步的验证，以确定具体污染物类型。
⑦根据⑤、⑥的分析结果，确定所需清洗配方。当RO膜上的污染物确定后，我们可以选择膜制造商提供的系列配方，选择较为合适的一种或两种配方，或者选择特殊配方(当RO膜被特殊的污染物污染时，采用普通的配方效果欠佳，或者从经济性角度比较时，特殊配方较为经济)。目前，国内外有许多反渗透膜元件清洗的专用药剂，如清洗药剂和杀菌剂，根据笔者的经验，使用效果良好，且同传统药剂比较，经济性也不错。
⑧在反渗透专用清洗设备上用以上清洗剂结合物理处理清洗手段进行试验性清洗，以选择恰当的清洗配方和清洗程序。
⑨确定清洗方法，对以上所有膜元件进行处理。
⑩对清洗后的膜元件进入测试平台进行测试并作记录，不符合要求的将重新送入清洗设备进行处理
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